Atabey İlçesinde Prof. Dr. Rüçhan ARIK başkanlığında, “Göller Bölgesi Arkeolojik -Kültürel- Turistlik Araştırma ve Değerlendirme Projesi” adı altında Arkeolojik araştırmalar yapılmış, bunların ilk bölümü 1993 Yılı sonunda tamamlanmıştır. Bu araştırmalarla Atabey İlçesinin tarihindeki önemi bir kere daha vurgulanmış ve kalıntıların bir bölümü gün ışığına çıkarılırken Ertokuş Medresesi de restore edilmiş ve çevre düzenlemesi yapılmıştır.
İlçenin Harmanören köyü sınırları içinde Göndürle Höyük’te daha önce yapılan yüzey araştırmaları ve Prof. Dr. Mehmet ÖZSAİT tarafından 1993 yılında yürütülen kazı çalışmaları sonucunda, buranın son Kalkolitik Çağ’ dan M.Ö.I. bin yılı sonlarına kadar kesintisiz sayılabilecek yerleşmelere sahne olduğu anlaşılmıştır. Höyükte yer alan küp mezarların, Ortak Tunç Çağı başlarına kadar kullanıldığı belirtilmiştir.
Antik çağda Ağrai veya Agpia olarak adlandırılan Atabey yöresi M.Ö.334’ te Büyük İskender’in egemenliği altına girmiştir. Büyük İskender’in komutanlarından 1. Seleukos Nikator’un oğlu 1. Antiochos Soter tarafından kurulan Seleukeia kenti, İlçenin güney batısında yer alan Bayat köyü sınırları içerisindedir. Bölgenin M.Ö. 164’ te Roma egemenliğine girmesinden sonra İmparator Claudius döneminde Claudioseleuceia adını alan şehir daha sonra “demirden“ anlamına gelen “Sidera” ön adını alarak Seleukeia Sidera şeklinde adlandırılmıştır. Seleukeia’ nın Bizans döneminde Agrai (Atabey) ile aynı piskoposluğa bağlandığı kayıtlardan anlaşılmaktadır.
Malazgirt Zaferi ile Anadolu egemenliğinin Selçuklulara geçmesinden sonra, Atabey’i 1224’de Alâaddin Keykûbat’ın Sûbaşısı Antalya Valisi bulunan Mubârizüddin Ertokuş aldı. Selçuklular döneminde bilinçli bir şekilde kervansaray ağıyla donatılan Konya – Antalya güzergahındaki yerleşimlerden birisi olan Agros’a (Atabey) önem verildiği, Ertokuş tarafından burada 1224 yılında inşa ettirilen Medreseden anlaşılmaktadır. 13. Yüzyıl başlarında tamamen Türkleşen bölgede, önemli bir yerleşim merkezi olarak beliren Atabey’deki Medrese, Osmanlı Devleti eğitim sistemi içinde de fonksiyonunu devam ettirmiştir.
Atabey’in 1478-1501,1522 ve 1568 yıllarında gerçekleştirilen tarihlerinin yer aldığı defterlerde, Eğirdir’e ait bir nahiye olarak belirtildiği görülmektedir. Ancak, Kâtip Çelebi’nin “Cihannûma”sında, Agras ismi ile Kaza olarak kaydedilmektedir.
16.Yüzyıl başlarında Medrese, Onaç, Kafirköy ve Zimmiyan olmak üzere 4 mahalleden oluşan merkez, aynı Yüzyıl sonlarında büyük bir gelişme göstererek (kasaba), Cami, Emineddin, Çeşme, Yunus, Halife, Pazar,Onaç, Sinan, Çakıcı, Akhoca, Sehrap, Duman ve Zimmiyan olmak üzere 13 mahallelik büyüklüğe ulaşmıştır. Mahalle sayısı daha sonraki dönemlerde 22’ye kadar çıkmıştır. Atabey’in bu dönemlerde bir bilim merkezi olarak anıldığı, ekonomik aktivitesi ile de dikkati çektiği görülmüştür.
O zamanki adı ile Agros,16.yüzyılda Hamit Sancağındaki 16 pazar yerinden birisi idi. Nahiyenin Pambuklu (Penbeli) köyünde yetiştirilen pamuğun işlenmesi sonunda dokunan ve Osmanlı ülkesinde “Donluk” diye tabir edilen boğası kumaşı oldukça iyi bir pazar buluyordu. 1869 Konya Vilayet Salnamesinde, Agros nahiyesinde 14 mahallenin yer aldığı belirtilmektedir.
Cumhuriyet döneminde, 1926 yılında Türkiye Büyük Millet Meclisi kararı ile Atabey ismi ile anılmaya başlanan belde, 1953 yılında Bucak, 1 Nisan 1960 tarihinde de İlçe statüsüne getirilmiştir.